>「修士持ってると博士課程に入りにくい」って事です。

これは、あまり気にする必要はないと思う。
もちろん、修士なのに学力が学部卒と同じだったら
評価は低くなるだろう。

あとは、Qualifierに落ちたために修士だけ取って博士に再度
アプライするということは良くある。修士卒がそういう意味で
ネガティブなシグナルになることは考えられなくもない。
でも、それはアプライする時に状況を説明できれば十分だと思う。

ちなみにQualiferに通る前に修士号を取ると、その後Qualifier
に通らずドロップアウトした場合にはっきり記録に残ってしまう
ので注意。