割と前者を見るけど、個人的には (\overline じゃなく \bar なら特に) 後者かな
（「バー」と添え字付けるのとが交換可能な場合になるべくなら限りたいが

前者でいくなら \overline{(a_{ij})} などと括弧で括ったりしたいところ
（だけど行列とか族に対する「バー」にも見えるから難しい