そうそう。そのあたりのアプローチとしては、細矢治夫先生が、
トポロジカル・インデックス（有機物のような、分子量が大きく
複雑な構造をもつ分子を、どのように検索・比較するかという指標）
によって評価しようとしていらっしゃいました。
数学的な考察に役立つかどうかはわかりませんが、ご参考までに。