facebook のコメント欄は見にくいので引用しておきます。
https://www.facebook.com/100003296049980/posts/1882068495246334/
のコメント欄より

南相馬市立総合病院では、平成20年に医師不足の「非常事態宣言」、平成21年に「レセプト電算システム導入」でした。
http://m-soma-hsp.com/about/gaiyou/
お話を総合すると、今回の年度傷病数は「患者病名テーブル」から
病名の有効期間（診療開始日から転帰日）と主病名フラグだけで抽出したもののようです。
欲しい病名の数字は、通常、その病名のコード（複数）と一致するものを数えます。
病名コード、今はレセプト電算「傷病名マスター」でしょう。
http://www.iryohoken.go.jp/shi.../searchMenu/doSearchInputBp
平成21年より前に付けられた（診療開始日<2009xxxx）の患者病名には、レセプト電算の開始以降に付いた
患者病名と同じ病名コードが使われているかどうか・・・。
違う体系になっている事例をいくつかの病院の仕事で見てきました。
もしかしたら、2010年ごろに『開院』したかのような患者病名の件数増加、その大部分が、
「診療開始日が古い患者病名に探すコードが載っていない」で説明できるのかもしれません。