盗まれた疑惑のものとは別のES細胞という判断は、理研や調査委員会の報告ではしていません。あくまでも、残存試料等から判断できたものに対してです。
さらにNHKの番組においては、盗まれたものという扱いではありません。小保方氏側の勝手な誤認となります。
1. 所有者や管理者に無断の所持
→ 明白な事実
2. STAP問題が起こり、残存試料の調査において、1が明るみに出た
→ これは間接的に試料の扱いがどうであったか伺い知ることのできる内容であり、全く無関係ではない。これを否定すると、事件報道における余罪、その他の関連報道をすることが全て名誉毀損となりますね。

仮に小保方氏が裁判所で争った場合、逆に負ける可能性が高い。それがわかっているから、損害訴訟できないんですよ。