食品学、人類学的には、日本の味噌は醤油と同じく、醤（ひしお／ジャン）のうち穀醤（こくしょう）に分類される。一般的な味噌は日本独自のものであるが、東アジアや東南アジアの各地に存在する大豆やその他の豆・穀物を原料としたペースト状の発酵調味料である穀醤も、類似性から味噌に含める場合もある。例えば、中国の豆板醤、韓国のコチュジャンを、日本ではしばしば唐辛子味噌などと呼ぶ。

主な原料は大豆であるが、穀物や麹の違いで種類が豊富である。穀物に黄麹菌などの麹菌を繁殖させた麹や塩を混ぜ合わせ、発酵させることによって大豆のタンパク質を消化しやすく分解し、旨みの元であるアミノ酸を多量に遊離する。穀物由来の麹が増えるとデンプンが糖に変わって甘味が増し、大豆が増えるとアミノ酸による旨味が増す。原料により豆味噌・米味噌・麦味噌など、地域や種類により赤味噌・白味噌・合わせ味噌・調合味噌などと区別する。