通勤手当は全部非課税だけど社会保険料には影響する。つまり遠方から電車で通ってて通勤手当が高くても所得税市県民税には影響ないが、年金、健康保険は上がる。でオッケーだろ？
あと交通道具利用者も手当でるから、自転車バイク、車も二キロ以上なら手当でる。