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「法第三百十七条の二第一項の規定による申告書」=「市町村民税の申告書」
「特定株式等譲渡所得」についても、法第三百十三条MNで同様。


地方税法の施行に関する取扱いについて(市町村税関係)
第2章 市町村民税
第2節 課税標準及び税率
第3 課税標準
16の3  法第313条第13項又は第15項の規定の適用に当たっては、法第317条
の2第1項の規定による申告書及び法第317条の3第1項に規定する確定申告書(
その提出が法第317条の2第1項の規定による申告書の提出とみなされるものに限る。)
のいずれもが提出された場合には、必ずしも確定申告書を優先して課税方式を決定する
のではなく、これらの申告書に記載された事項その他の事情を勘案して決定するもので
あること。(法313L・N)

地方税法
(所得割の課税標準)
第三百十三条
12  特定配当等に係る所得を有する者に係る総所得金額は、当該特定配当等に係る
所得の金額を除外して算定するものとする。
13  前項の規定は、特定配当等に係る所得が生じた年の翌年の四月一日の属する年度
分の特定配当等申告書(市町村民税の納税通知書が送達される時までに提出された次
に掲げる申告書をいう。以下この項において同じ。)に特定配当等に係る所得の明細に関
する事項その他総務省令で定める事項の記載があるとき(特定配当等申告書にその記載
がないことについてやむを得ない理由があると市町村長が認めるときを含む。)は、当該
特定配当等に係る所得の金額については、適用しない。ただし、第一号に掲げる申告書
及び第二号に掲げる申告書がいずれも提出された場合におけるこれらの申告書に記載
された事項その他の事情を勘案して、この項の規定を適用しないことが適当であると市町
村長が認めるときは、この限りでない。
一 第三百十七条の二第一項の規定による申告書
二 第三百十七条の三第一項に規定する確定申告書