国立大学を国と別法人にしたこと自体、文科省は「それぞれの大学の自主性を尊重」してとか、「各大学の創意工夫で特色ある大学を」とかそういう建前で進めたんだから、人事だけは従来通りでとはいかないわな。
国立大学に来ても人事ローテーションで2〜3年で本省に帰る人間が、本当に大学の方向いて仕事するかということだし。出世を考えたら本省の意向しかきかないでしょ。