ある国がある国を支配する際に、その国の少数民族を政権の座につかせて間接統治するという例は過去の歴史にありましたか？
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間接統治が植民地支配の基本的法則ですから、そういった事例は無数にあります。
むしろ日本が朝鮮に行ったような直接統治の方が少ないはずです。

東南アジアを支配したイギリス・フランス・オランダは、華僑を通じて大多数の現地人を支配しました。（フィリピンを支配したスペインやアメリカも同じです）

メキシコを支配したスペインは、大西洋沿岸のトルティカ族を味方につけアスティカを支配しメキシコを造りました。
その後は、クリオージョ（中南米生まれのスペイン人）を通しての統治となります。

シリアで、現在のアサド大統領（アラウィー派）が政権の座にいるのは、フランス統治時代に圧倒的多数のスンニ派を抑えるため、アラウィー派を使い統治したためです。
（アラウィー派は、シーア派の一派ですが、イランのシーア派［１２イマーム派］とは別の宗派です）

ロシアがチェチェンを初めとするカフカス諸国を支配できたのは、オセット人を通して支配権を確立したためです。
（そのためチャチャン人過激派に北オセチアの学校が襲撃されました）

イギリスのスーダン支配は、エジプト人を使っての支配でした。

『分割して統治』というのは、大英帝国が世界中のあちこちを植民地支配した際の基本戦略です。
もっとも、その起源はローマ帝国まで遡るかもしれませんが。

No.1の方がインドの例を紹介しましたが、ミャンマーでは少数民族のカチン族を優遇して、多数派のビルマ族を支配しました。
ミャンマー独立後は立場が逆転したため、カチン族は国内でゲリラ活動を行って、中央の支配に抵抗しています。