このスレでも出ているような色々な方法でまず留守中勝手に部屋に侵入されたという確証を得る。
で、侵入される度に「勝手に入るなよ！」と言いつつ壁殴って穴を開けるのを繰り返してたら3発目くらいでもう入ってこなくなった。
割に合わないと思わせるのがポイント。言うだけじゃ無駄。

ちなみに俺は安物のウェブカメラで留守中の動画撮影して、侵入＆物色の動かぬ証拠をプリントアウトして突きつけた。
壁殴るからには思い込みの言い掛かりだけは避けたいからな。証拠は大切。

部屋のドアに鍵をつけるのは余りお奨めしない。
それってこっちが一方的に拒否してるだけでお互い合意してるわけじゃないから、完璧とは言えない。
鍵無しでも入ってこないような状況にしないとダメだ。「いつでも入れるけど入りたくない」と思わせるのが理想。