坂井昭宏さん（北海道大学文学部哲学科→同院修了→同大教官）でググると随分と昔の物だよね
〜 性転換手術は性同一性障害の有効な治療法でありうるのか（第一稿）〜
http://www.hucc.hokudai.ac.jp/~k15696/home/sakai/others7.html

で読むとそれほどめちゃくちゃな事は言ってないね
論点を纏めると
1. MtFの脳が女性、FtMの脳が男性という証拠は取れていない
2. SRSをしても生殖機能がある生殖器が備わるわけではない
3. 埼玉医科大が公式SRSをした手順に学内での公平性が担保されていない

1に関しては、医学には基礎医学と臨床医学がある
基礎医学では明らかになっていない物でも臨床的には放置しておけない物
がある。それが臨床医学であり、この点が抜けている

2に関してはこの論法はGID特例法からSRS要件を削除する際に使えると思ったかも

3に関してはもう18年以上も前の話なので風化