そもそも装備の艦載機は概念であって、艦娘から発艦される時に初めて実体を得る
艦娘は損耗した艦載機の分のボーキサイトを消費する事によって補給する

基地航空隊は艦娘を通さずに装備概念の艦載機を実体化するのにボーキサイトを消費する
よって基地配備を外すと艦載機は消失し、実体化に使ったボーキサイトも消失する
また装備概念として元に戻るまでのタイムラグが発生する為に再配置待ち時間が必要となる

恐らくボーキサイトを消費する事によって飛行士妖精さんを召喚、もしくは撒き餌として誘引して実体化を行うメカニズムがあると思われる
実体化するときに妖精さんにボーキサイトを食べられてしまうのではないかとの説が有力である
しかしながら妖精さんは謎の生命体であり、撃墜されてもいつの間にか帰って来ていたり(愛機が墜ちたので再度慣熟が必要)
装備から外されるといつの間にか去ってしまったりと
未だ生態が良く分かっていない為、本論の証明は困難を極めると思われる