Sigilの改良から始めてそれをCalibreに搭載する

Sigilにテンプレートとして標準cssを組み込む
今まで文字装飾に使っていたタグとcssの記載を合わせる

epub2時代はナビゲーション目次がtoc.ncxだったからhtmlファイルをtextフォルダに集める仕様になってるんじゃないかな
epub3はナビゲーション目次がxhtmlなんでtextフォルダに移動してしまう
textフォルダに置いて本文中の目次用シートと兼用で使うこともできるけど原則はtoc.ncxと同じ位置
兼用させると目次ページで文字装飾が使えないので、日本では兼用してない

もしやる気があるならやってみてください