epub変換の時の設定のスタイル→追加cssに、"kindle 縦書き css"とかでググれば見つかる縦書きcssコピペして変換かけるだけで表紙つきの縦書きepubになるよ
他は表紙のアスペクト比を変更しないにチェック入れる位かな