このスレは破壊自炊が中心なのでSV600固有のノウハウが分かる人はたぶんいないです
そこを踏まえたうえでの汎用的な回答になるけど

1. PDFの後補正は基本困難、文字本の斜め補正程度ならAcrobatで可能だが解像度が落ちる
一度画像(jpg)にばらして補正後に再度PDFにまとめるか最初からjpgでスキャンが無難
やり方やツールは>1の自炊wikiが詳しい

2. 本棚や表紙が設定できるビューアを使って読む
PDFリーダーより漫画ビューアのほうがその辺は充実しているものが多い
閲覧デバイスがわからないのでスレ誘導はしないけど、PC、Android、iOS でそれぞれある

3. ×圧縮しない 〇規定値のまま だね、jpgでPDF格納なら必ず圧縮は発生する
これは見た目の劣化度とサイズで自分が納得できる落としどころを探すしかない
SV600のスキャン方式ではADFやフラベより画質で劣るので
見た目の割にサイズがデカいということはあるかもしれない
ix500など他の機種使ってる人の意見はあまり参考にならないと思う