読み物系なら目次だろうと何だろうと先頭からスキャンしてそのままZIPに格納して終わりだな。
何らかの資料の類でOCRとか掛ける場合でも、基本は本の収録順にPDFに格納。

ぶっちゃけていえば目次だからって特別何かしたりはしない。