個別に修正するようなツールは使ってないので答えられないが、
リサイズやトーンカーブの一括補正とかは自分はRalphaを使ってる。
が、作業ルーチンとしてあなたにマッチするかは試してみてくれとしか言えない。
自炊の定番ツールはいくつかあるので他は探してみてくれ。
ツール関係はめんどくさい論争になりやすいので・・・

PC用の画像ツールだとたいていはプレビュー見ながらパラメーターいじれると思うので
いじりながら「この値を上げるとこんな絵になるのね」って体感していくのが早いと思うよ。
自炊は基本的に自分がOK出さないと不合格なわけで、とにかくいろいろ試すしかない。
そして得られる絵と手間を勘案して自分だけの妥協点を設定する。

うちはix500じゃないので同じ絵が出せるとは言わないけど、
グレスケでモノクロ写真と文字のページのサンプル。
https://i.imgur.com/KY8pR4g.jpg
白と黒のレベルを調整して400dpiでグレスケスキャンしただけ。
グレスケのサンプルとして。