ix500がjpegしか出せないことなんてレスしてる人は承知の上でしょう。
jpeg自体は多色画像向けの圧縮なんだからスキャンで2値を選んでいる時点で最大限発揮していない。
スキャナ側任せの2値化よりも、
演算力有り余ったPC側ツールで画像加工したほうが補正の自由度は高い。

重要なのは見栄えがいいスキャンではなく、データを少しでも多く拾うスキャンをすること。
見栄えのいい設定＝最終的に見栄えがいいように加工できるデータでは無い。

あと望みの優先順位が伝わってこない。
読みやすい文字なら2値にこだわらないのか？ファイルサイズの目安は？
閲覧環境は？ファイル形式は？

そもそもix500でのpdfとjpegの関係も理解してないように思える。