日本国内で直径1km程度以上に絞って隕石孔候補を探しましたが、
明瞭なものは見つからず。
有名な奄美大島赤尾木湾は航空写真では綺麗な円形だけど、
地形図ではさほど明瞭じゃないですね。

奄美大島赤尾木湾
http://maps.google.co.jp/maps?ie=UTF8&ll=28.423109,129.631119&spn=0.05533,0.089865&t=h&z=14

非常に不明瞭ながら中国地方の隆起準平原に双子クレーターらしき形跡。
広島県北広島町・安芸高田市
http://maps.google.co.jp/maps?ie=UTF8&ll=34.625298,132.541809&spn=0.414166,0.718918&t=p&z=11

双子クレーターについて
http://www.nao.ac.jp/nao_news/mails/000031.txt