In case the program never enables an interrupt source,
the Interrupt Vectors will not be used
and, consequently,
regular program code can be placed at these locations.

割り込み入力を使わない場合は、
割り込み割り込みベクターは使われません、
その結果として
通常のプログラムコードをここに配置できます。

この文章には推奨(できればやりなさい)か非推奨(やるべきではありません)かは書かれてなくて、
できるかどうかだけが書かれていると思う。

推奨＝できればやりなさい、非推奨＝やるべきではありません
とあえて書いたけれど、推奨、非推奨の意味や雰囲気の捉え方は人によって異なるかもしれない、
そこを先にすり合わせないと、推奨か非推奨かの議論は成立しない。

あと、公式ドキュメントも単一の思想のもとで書かれているとは限らない、
本当に非推奨の意図で書かれているものもあるかもしれない。(だとしたら、公式でも意見が
分かれるものの可能性があるわけだから、ユーザーからみればどっちでも良さそう。
あとは、所属組織のコーディングルールとかに従えばいいと思う。