teensy 4.0はUSBシリアルポート経由でプログラム書き込んでるわけじゃないと思うけどな
USBシリアルの機能は書き込んだプログラム側で作ってるので
書き込んだプログラムがうまく機能してないとUSBシリアルの機能も有効にならないのでは？
ボードの下のUSB TypeでUSBシリアルなど、どの機能を使うか設定できて
USBシリアルの他にKeyboard、Mouse、Joystick、MIDIなどを指定できる
当然、USB TypeでUSB Serialが含まれてる項目を選択しないとUSB Serialは使えない