>>600
オシロスコープを買って波形を見ました。

arduino mega 2560

黄 ch1 MISO arduinoピン50番
青 ch2 SS

プルアップ無し
https://i.imgur.com/cC3woME.jpg

4.7kΩプルアップ
https://i.imgur.com/fdw9WX9.jpg

電圧差がやたら小さく、プルアップ抵抗を接続すると波形が歪みます。
ブレッドボードを使用しています。
何が原因でしょうか