>>591
AVRに限らず禁止事項だよ。うっかりするとチップ内の保護ダイオードを壊したり、
外部にレギュレータがあると、こいつを破壊する。

とりあえずの対策としてはFT232XのRESET#をLowにしておけばOK
ATmegaの余っているポートをPull Downしておいて、ここにRESET#をつないでおく。
ATmegaの電源On時に、このポートをHiにしてRESET#を解除すれば普通に使えるし、
電源を落とせばFT232XはResetステートに入る。
FT232XはReset#がLoになっている間、UARTポーtははTri-state、入力は内部200kΩで
プルアップされる（データシートVer. 1.2だったらp. 23)
これで、ほとんどの場合問題はないが、Resetステートの時にUARTピンが浮くので、
気になる場合は弱く(高抵抗で)プルダウンしておけばよい。