下手に抜粋すると間違いが起きそうなので、俺が実際に使用してるバッチ内容をコピペするから適当に変更してくれ。
atprogram -f -t atmelice -i UPDI -d atmega4808 program -c --flash --fuses --verify --file mega4808.elf

推測だが、コマンドの「program」が抜けてるんじゃないかな。
コマンド内にサブコマンドがあってさらにそれに対するオプションと書式がややこしいんだ。
-fsは--fusesと同じ、-fは--fileと同じだからそのままでいい。
atprogramの直後にある-fはツールのファームバージョンが違っても強制するオプションでかぶるから俺は--fileで書いた。