自分で定義を書いてもdelayとかの定義が上書きされるわけじゃなくてただエラーになるだけみたいなので
IDEのなかのファイルを書き換えるのは怖いし、ぜったい戻し忘れて他のスケッチがおかしくなりそうです
今回のプログラムではD6ピンのPWMは25〜230までしか指定しないから常にPWM信号がでていたので
D2ピンに繋げていた部品をA3ピンに移してA3ピンをD17ピンとして使って、D2ピンを空けてあげて
INPUTにしたD2ピンにD6のPWM信号ををつなげて外部割込み【RISINGを指定】の所にやりたかった内容を書いたら
タイマー0が0になるたびD6がHIGHになって外部割込みがちゃんと起動したので
結果的にTIMER0_OVF_vectと同じ挙動になりました　ありがとうございました