レギュレータには通常は短絡保護も過熱保護も入っているので、テスタープローブの
タッチみたいな短時間で壊れることは考えにくいのだけど、その状況を見ると壊れている様子ですね。
それよか、
・nanoの 5V端子がVINと同じ電圧になっている。
・VINは9V。
ということは、nanoの5Vラインに9Vがかかってる。ということですかね。
CPUも壊れている可能性が大きいです。