音声出力とかLED点滅は時間のかかる処理じゃないし、125usという比較的
短周期の割り込み処理で、フラグを立ててメインで処理するなんてむしろ
オーバーヘッドが大きくなる。
今回の場合は割り込み処理内で全部やるのが合理的と思うがな。
だから変数が複数バイトでも競合の心配はない。
音声のジッタを嫌うなら

・前回の割り込みで用意した音声データを出力する
・カウンタ++
・カウンタ=480ならLEDをON/OFFしてカウンタクリア
・次回の割り込みで出力する音声データを用意しておく
のような手順でやればOK。メインはLOOPのみ。