まって、まって。

UNOの純正の話ですよね？

>大量のLEDを扱うのでLEDもUNOも外部から5vを供給している状態ですが、この状態でUNOのUSB端子をPCに繋いでシリアル通信できますでしょうか？

この接続をしたときにPCのUSBの電源に逆流するする、と思っている人って、UNOの回路図をご覧になってるのでしょうか？
質問者が回路図を理解できないということはありだとしても、回答者が回路図も見ていないのだとしたら悪質だと思います。


それ以前の話ですが、UNOのDCジャックから5Vを供給する事は規格外です。