あとEFFECTS LOOP INに直接音源を接続してみてPGMでのヘッドフォンとHOUSE OUTにノイズなどの問題がなければその手前のSUMMING AMPとBUFFER AMPあたりに原因が、
そうでなくここでもノイズなどの問題があればIC-1C、IC-1Dとその周辺に原因があると考えられられると思う