逆相に聞こえるのはよくわからんがPGM側はトーンコントロールが入ってるから位相がずれるとか?
あとPGMのほうは何段もAMPが入ってるから位相がずれるとか?
両耳同じようにずれれば感じないけど片方だけずれると目立つのかなトーンコントロールフラットでも感じるのか?

ノイズに関してはCUEで聞こえないということはヘッドフォンアンプの発振じゃなくてPGM側のTONE、BUFFER,、SUMMING AMPのあたりのオペアンプか抵抗かコンデンサのノイズか…
HOUSE OUTもヘッドフォンもノイズは左だけ?