みなさん、ありがとうございます。

メインループはTMR0で10mSの制限を持たせて、ADCを読み込み積算して、5分間の回数で平均をEEPROMに書き込みます。
デバッグ用にシリアルでTeratermへ時刻を送っているので、0.5秒間でDS1307を読み込んでいます。
I2Cの通信は、0.5秒間隔でDS1307リードと5分間隔のEEPROMライトが発生しています。
EEPROMはページをまたがない用に128Byte単位でライトしています。
EEPROMの書き込みではreturnの前に5mSの待機を入れてます。
PICKit3でプログラムを書き込み終了で自動的に起動して必ずDS1307のエラーでリセットしても変わらずで電源を入れなおします。

秋月のPIC18F46K22搭載基板です。
秋月のDS1307基板に4KBのI2CのEEPROMもありますが、AT24C1024Bのアドレスと同じなのでアドレスSelect Jumperをショートしています。