プログラムの実行時間をキチンと把握していれば、＜割込み内で全て処理する＞を避ける必要は無いと思う。
割込み内で処理できるのに、＜フラグを立ててバックグランドでポーリングして・・・＞なんてかったるい。

処理時間が厳しいプログラムなら、プログラム完成後に各処理の実行時間が設計通りになっているかどうか、
オシロなどで実測して確認すればいい。