確かに、難しいところがありますよね。

以下の3つに分けて考えましょう。
1. main()
2. タイマー割込
3. 関数

1. main()は、細かいことは書かないで「装置全体の動作の流れ」がわかるように書くと良いです。
　　　　　
2. タイマー割り込みは、いろいろできますが、多重割り込みになると面倒ですので、
　　　サッと抜けるような処理だけ書きましょう。
　　　時間は、1msで行けると思います。(PICは楽勝。アルデーノは知らない)

3. 関数
　　　main()で使用する関数の中身を書きましょう。

こんな感じです。

interrupt_timer....(){
　　count++
}

void main(){
　　st = 0;
　　while(1){
　　　　if( st==0 ){　　　　　　　　　// 0のとき
　　　　　　init();　st=1;　　　　　　　　　// 初期化して、1へ

　　　　} else if( st==1 ){　　　　　　// 1のとき
　　　　　　if( SW1==on ){　　　　　　　　　// SW1が押されたら
　　　　　　　　LED1=on;　　LED2=off;　　LED2=off;　　// LEDをセットして
　　　　　　　　fprintf(xx, "Get1 \r\n");　　　　　　// シリアルで送信して
　　　　　　　　st = 2;　　　　　　　　　　　　　　　// 次へ

　　　　　　} else if( SW2==on ){　　　　　　// SW2が押されたら、
　　　　　　　　LED1=off;　　LED2=on;　　LED2=off;　　// LEDセットして
　　　　　　　　Mootor_L( on );　　　　　　　　　　　　// モーター回転on
　　　　　　　　count = 0;　　　　　　　　　　　　　　// 時間カウンタreset
　　　　　　　　st = 3;　　　　　　　　　　　　　　　　// 次へ
　　　　　　}

　　　　} else if( st==2 ){　　　　　　// 2のとき
　　　　　　if( count > 800 ){　　　　　　　// 800ms経ったら
　　　　　　　　st = 3;　　　　　　　　　　　　　// 次へ
　　　　　　}

　　　　} else if( st==3 ){　　　　　　// 3のとき
　　　　　　if( SW_stop==on ){　　　　　　　　// StopSWが押されたら
　　　　　　　　fprintf(xx,"STOP....\r\n");　　　　// シリアル送信して
　　　　　　　　Mootor_L( off );　　　　　　　　　　// モーター回転off
　　　　　　　　st = 1;　　　　　　　　　　　　　　// 1へ戻る
　　　　　　}
　　　　}
　　}
}