自分はomiocnc x4-800l
mach3、xp、fusion360
という環境ですが、特にこの様な症状出てないですね。
一つ気になったのは、脱調です。
私も使い始めの頃、omiocncのマニュアル通りxyzのモーターセッティングですと、ごく稀に原点がズレたりしたので
加速度等を調整したら症状が治りました。
電源を120vに昇圧したのも改善した原因かもしれませんが
この事から脱調してたのだと推測されます。

脱調を疑ってみては？