拡張ガーバーフォーマットで、サイズ0のアパーチャ定義はマズいのでしょうか。

外形線データ(*.GML)でそれがあって、基板メーカ(国内)から指摘を受けています。

その起源が、Eagleの標準ライブラリ(例: con-jack/DC0202)の長穴定義のMilling層の矩形にありました。
標準ライブラリだけあって、広く使われていそうなものですが、いかがでしょうか。
また、Elecrowは普通に受け取ってくれていたものです。