%は割り算の余りです。簡単。
なのでmillis()%40はmillis()を40で割った余りなので、0, 1, 2...., 38, 39を繰り返します。なのでmillis()%40>20で、大体20ms毎(もっと正確にやるにはmillis()%40>18)にtrueとfalseを繰り返せます。
一定の間隔で点滅とかやるなら便利なやり方だとおもいます。