電子マネーWAONにチャージしてしまったら現金から、ポイントから、などの区別はなくなるので気にしなくていいよ。

ちなみに電子マネーWAONポイントは電子マネーWAONにチャージして初めて支払いに使える。抱えたままでは支払いに使われない。