色々調べてたら分かりました。

jreポイントシステムにはなる。
ただしこのままでは、jreポイント加盟店舗でボーナスポイントを受け取ることは出来ない。加盟店でポイントを貯めたいならカードの更新が必要(500円？)。

まあ僕は実店舗では使わずSuicaチャージのみだから、このままでも十分メリットがありそうです。