色々と試算した結果、自己解決しました。

税引き後の宿泊代金から、更に消費税分を差し引いた額をベースの金額として、ポイントを算出していたようです。
例えば明細では以下の通りだとします
Accommodation　15000円
Tax　　　　　　　　　　　1200円
Total　　　　　　　　　16200円

本来　15000円÷110円×10×1.25＝1704ポイント　であるところ
　　　　（15000−1200）×10×1.25＝1568ポイント

こんな感じでポイント付与されてしまいました・・・・

心を広く持ってクレーム出すのは許しますｗｗｗ