自分の場合
ローソン→アプリでポイントカード、支払いiD
ファミマ→アプリでポイントカード、支払いSuica
セブン→支払いSuica
スーパー、ドラッグストア→ポイントカード、支払いLINE Payカード

Apple Payのエクスプレス設定はSuica、メインカードはiDに設定。