まじめな話、航空券とは異なり、近郊鉄道は価格弾力性は無い。
鉄道は地域独占、バスやタクシーという別の交通モードはあるが、
時間や費用の関係で、一般の通勤通学では選択肢にならない。

システムも複雑になるし、学割なんてやりたくない、極論で言えば子供料金もやりたくない。
国交省のお達しでやってるだけ。要は国策。