>>163
>池袋、新宿、渋谷の副都心3駅にはいずれもない

何故かは明らか。
横浜も含めて、JRがやらなくても 国鉄民営化前から、これらのターミナル駅は商業的価値がメチャ高く 民鉄が駅前を開発しちゃったから。
更に 駅前一等地をJREポイント非加盟のLUMINEが占めてるから。
渋谷は東急の、池袋は西武の縄張り。
新宿も、小田急と京王が陣取ってる。
渋谷マークシティは井の頭線の上だから京王が持ってるし、小田急は 新宿のSUBARUのビルも買っちゃった。

国鉄が持ってた駅隣接地を民営化後に 何とか活かせないか？と開発したのがJREの駅ビルだから。
もともと駅にピッタリ隣接してないと乗降客数からして商業的価値ない駅とかに ミニミニで駅ビルを作ったり
周囲がガラの悪い駅で、普通の民間なら避けるが駅ピッタリのビルならオサレな店も作れると出店したりしてる。
東京の東部や四谷とか、千葉 埼玉、また京浜東北線の品川から川崎までが それに該当する。

>同じブランドでもシアルやnonowaのように一部の駅だけ加盟してるのは何故なのかな

駅ビルって、何もない所に出来るショッピングモールと違い、周囲に商店街があって大店法みたいな法律も関係して地元との調整も必要。
またJRの土地だけでは足りず 他の土地を借りると地権者が絡んだり、昔から陣取ってる店があれば営業権も考慮したり と権利関係が複雑。
でも 全部JR直系のアトレにしてしまえないのは、おそらく市など行政の駅前再開発事業の一環として駅ビルを作る場合。
鉄道でいう第三セクターみたいに、JREastだけが金を出さず、地元自治体や商工会なども何らか絡むケース。
でもポイントを共通化するのに反対する者はいないから。