弁当に限らずホット飲料とか、複数の商品の中に温かい物があれば
とりあえず「温かい物は袋を別に致しますか？」って聞く。
相手の反応がどうであろうが、結局それに越した事は無い。

ただし温かい物＋チョコや生菓子だったら勝手に分ける。
仮にその必要が無かったら、客が「一緒でいいよ」とか「飲み物は手で持っていきます」とか言ってきてくれる。

ちなみに「袋一緒で良いですか？」は禁句。
「〜で良いですか？」は一方的に押し付ける形になるからNG。