抗生剤のせいで悪玉菌が繁殖したりすることもあるし、健康な人でも細菌のバランスが崩れるだけなので殺菌に意味はないですよ一時的には菌の数が減るので効果がないわけではないですが。
腸内細菌なんかでは一回の抗生物質の服用で崩れた腸内細菌のバランスが自然に回復するかどうかさえ疑問視されてますが少なくとも年単位の時間がかかるそうです。
また菌交代症で、クロストリジウムデフィシルなどが繁殖すると難治性の腸炎になります。治療には便移植が効果的と言われています