■診断基準
【日本疲労学会診断指針 2007】
6か月以上持続する原因不明の全身倦怠感を訴える患者が、下記の前提I, II, IIIを満たした時、臨床的にCFSが疑われる。
確定診断を得るためには、さらに感染・免疫系検査、神経・内分泌・代謝系検査を行うことが望ましいが、
現在のところCFSに特異的検査異常はなく、臨床的CFSをもって「慢性疲労症候群」と診断する。

　〔前提I〕
病歴、身体診察、臨床検査を精確に行い、慢性疲労をきたす疾患を除外する。
ただし、抗アレルギー薬などの長期服用者とBMIが40を超える肥満者に対しては、
当該病態が改善し、慢性疲労との因果関係が明確になるまで、CFSの診断を保留し、経過観察する。
また、気分障害（双極性障害、※精神病性うつ病を除く）、不安障害、身体表現性障害、
線維筋痛症は併存疾患として扱う（※妄想や幻覚を伴ううつ病の場合に、精神病性うつ病と呼ばれる）。

　〔前提II〕
〔前提I〕の検索によっても慢性疲労の原因が不明で、以下の4項目を満たす
1.この全身倦怠感は新しく発症したものであり、急激に始まった
2.十分休養をとっても回復しない
3.現在行っている仕事や生活習慣のせいではない
4.日常の生活活動が発症前に比べて50%以下になっている。あるいは疲労感のため、月に数日は社会生活や仕事ができず休んでいる

　〔前提III〕
以下の自覚症状と他覚的所見10項目のうち5項目以上を認める
1.労作後疲労感（労作後休んでも24時間以上続く）
2.筋肉痛
3.多発性関節痛（腫脹はない）
4.頭痛
5.咽頭痛
6.睡眠障害（不眠、過眠、睡眠相遅延）
7.思考力・集中力低下
8.微熱
9.頚部リンパ節腫脹（明らかに病的腫脹と考えられる場合）
10.筋力低下（(8)(9)(10)の他覚的所見は、医師が少なくとも1か月以上の間隔をおいて 2回認めること)