親知らずが生える時に隣の歯を押して歯並びが微妙にずれて
噛み合せがおかしくなったために顎関節症になったのではないかという話は
たまにスレでも出てきていました。

親知らずがあることでどのような影響が口の中にあるのか、
逆に抜くことによってどう変わるのか、
抜いてみないと分からない話かもしれません。
かみ合う歯がないとのことなので、隣の歯を押しているパターンかもしれません。
私は歯科医ではないのではっきりしたことは言えませんので、
他の歯科医でも相談するとよいのではないでしょうか。

きれいな歯ならもったいないので、抜いても将来の歯牙移植用に保存しておくのも良いと思います。