自作ドローン用の電源として18650とか26650を
1本で昇圧して12V/3Aくらいにして使うのは無理が
ありますかね?

もしくは、それらが入っているモバイルバッテリー
(5V)を12V/3Aに昇圧するパターン。

素直に直列にすればいいんだけど、パワーを維持
したままどこまで軽量化できるかと考えたら、
後はバッテリーかなと思いまして。

使用時間が短くなるのは無視します。