今のシステムはリーグ優勝同士が戦って日本一を決めるシステムではないのだから
秋のカップ戦としていじくりまわしてもいいでしょう。
例えば
パリーグ優勝VSセリーグ優勝　　←日本シリーズを開催
裏で　パリーグ2位VSパリーグ3位　セリーグ2位VSセリーグ3位　
　　　　　　　↑の勝者　　　　　VS　　　↑の勝者　
エキシビジョンとして下剋上マッチ(日本一に1勝とかのハンデも考慮)　日本一 VS 2,3位の生き残り
これならリーグ優勝チームが必ず日本一という称号を得られるし
２,３位のチームは下剋上マッチに勝ったら日本一にも勝てる最強の負け組というよくわからない称号を手に入れられる