ミスが起きる或いは公表される主な原因
１、システム化ができていない（予算が足りないことによるものも大きい）
２、一部社保庁組に未だに公務員気分でいる能天気な人材が存在する
３、複雑すぎる年金制度が頻繁に改正される（複雑な制度によりシステム化が困難なものもあり）
４、人材・人員不足（非正規の待遇が悪く、まともな人材が確保できないことも含む）
５、社保庁時代のミスが判明する（総点検で発覚したミスのうち実に81％が機構発足以前のもの）
６、委託業者の質の低さ（これは委託費用が安すぎることでまともな業者が入札しないことも原因）

※人員不足や委託業務の問題は政府の閣議決定「日本年金機構の当面の業務運営に関する基本計画」に則って行われていることであり、
これを改善しない限り問題解決は難しい

自分で調べてみただけだが、こんな感じじゃないかな？
入って見ないことには分からないことも多いけれども